Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan. Sekretariat Badan Perencanaan Pembangunan Daerah mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada ayat (2), Sekretariat menyelenggarakan fungsi:
- koordinasi kegiatan Badan Perencanaan Pembangunan Daerah;
- koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran Badan Perencanaan Pembangunan Daerah;
- pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumahtanggaan, kerja.
Sekretariat, terdiri atas:
- Subbagian Perencanaan
- Subbagian Keuangan
- Subbagian Umum dan Kepegawaian